参与过上届世界杯的五支亚洲球队（澳大利亚、伊朗、日本、韩国、沙特阿拉伯）可以直接进入第三轮小组赛。它们将联同第一轮胜出的11支队伍，以及第二轮附加赛胜出的4支队伍合共20队，参与第三轮小组赛。
20支球队分为5组，采取主客双循环赛制，胜出得3分，和得1分，负则0分。
每个小组首次名队伍出线第4圈。
若有队伍于小组赛上出现相同分数，则需顺序按以下方法排列名次：
在小组赛中的总球差
在小组赛中的总进球数字
有关队伍的对赛成绩
有关队伍的对赛球差
有关队伍的对赛进球数字
于中立场进行一场附加赛决胜负
晋级球队
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轮空球队
第一轮胜出球队
第二轮胜出球队
澳大利亚
韩国
沙特阿拉伯
日本
伊朗
巴林
乌兹别克斯坦
科威特
朝鲜
中国
约旦
伊拉克
黎巴嫩
阿曼
阿联酋
卡塔尔
叙利亚
泰国
土库曼斯坦
新加坡
第三轮种子队
编辑
晋级到此轮的20支球队会分成5组，每组4队，抽签仪式在2007年11月25日于南非德班进行。
各队的种子编排会根据第一轮及第二轮的方式决定出（即根据上届世界杯亚洲区预选赛第二轮小组赛成绩而排列）。
但除了5支已肯定获得第一种子球队（曾参与2006年世界杯决赛周的球队），他们会根据上届世界杯决赛周成绩来排列，因此那五队于此轮排名会与第一及第二轮时的排名有所不同：
澳大利亚不变，因为于2006年世界杯成绩最佳，晋级16强。
韩国不变，因为于2006年世界杯成绩第二，小组第三名。
伊朗由第五升至第三，因为于2006年世界杯成绩第三，小组第四名，并且净胜球差为-4。
日本与沙特阿拉伯并列第四，因为于2006年世界杯两队成绩相同，小组第四名，净胜球差为-5，并且得球与失球也是相同（同为得2球，失7球）。
A档次
B档次
C档次
D档次
澳大利亚
韩国
伊朗
日本
沙特阿拉伯
巴林
乌兹别克斯坦
科威特
朝鲜
中国
约旦
伊拉克
黎巴嫩
阿曼
阿联酋
卡塔尔
叙利亚
泰国
土库曼斯坦
新加坡
小组
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第一组
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队伍
赛
胜
和
负
得球
失球
球差
分
澳大利亚
6
3
1
2
7
3
+4
10
卡塔尔
6
3
1
2
5
6
-1
10
伊拉克
6
2
1
3
4
6
-2
7
中国
6
1
3
2
3
4
-1
6
澳大利亚
–
0 - 1
1 - 0[失效链接]
3 - 0[失效链接]
中国
0 - 0（页面存档备份，存于互联网档案馆）
–
1 - 2[失效链接]
0 - 1[失效链接]
伊拉克
1 - 0
1 - 1[失效链接]
–
0 - 1
卡塔尔
1 - 3[失效链接]
0 - 0[失效链接]
2 - 0[失效链接]
–
第二组
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队伍
赛
胜
和
负
得球
失球
球差
分
日本
6
4
1
1
12
3
+9
13
巴林
6
3
2
1
7
5
+2
11
阿曼
6
2
2
2
5
7
-2
8
泰国
6
0
1
5
5
14
-9
1
巴林
–
1 - 0[失效链接]
1 - 1[失效链接]
1 - 1[失效链接]
日本
1 - 0[失效链接]
–
3 - 0[失效链接]
4 - 1[失效链接]
阿曼
0 - 1[失效链接]
1 - 1[失效链接]
–
2 - 1[失效链接]
泰国
2 - 3[失效链接]
0 - 3[失效链接]
0 - 1[失效链接]
–
第三组
编辑
队伍
赛
胜
和
负
得球
失球
球差
分
韩国
6
3
3
0
10
3
+7
12
朝鲜
6
3
3
0
4
0
+4
12
约旦
6
2
1
3
6
6
0
7
土库曼斯坦
6
0
1
5
1
12
-11
1
约旦
–
0 - 1[失效链接]
0 - 1[失效链接]
2 - 0
朝鲜
2 - 0[失效链接]
–
0 - 0[失效链接]
1 - 0[失效链接]
韩国
2 - 2[失效链接]
0 - 0[失效链接]
–
4 - 0[失效链接]
土库曼斯坦
0 - 2[失效链接]
0 - 0[失效链接]
1 - 3[失效链接]
–
第四组
编辑
队伍
赛
胜
和
负
得球
失球
球差
分
乌兹别克斯坦
6
5
0
1
17
7
+10
15
沙特阿拉伯
6
5
0
1
15
5
+10
15
新加坡
6
2
0
4
7
16
-9
6
黎巴嫩
6
0
0
6
3
14
-11
0
黎巴嫩
–
1 - 2[失效链接]
1 - 2[失效链接]
0 - 1[失效链接]
沙特阿拉伯
4 - 1[失效链接]
–
2 - 0[失效链接]
4 - 0[失效链接]
新加坡
2 - 0[失效链接]
0 - 3*[失效链接]
–
3 - 7[失效链接]
乌兹别克斯坦
3 - 0[失效链接]
3 - 0[失效链接]
3 - 0*[失效链接]
–
注： 新加坡0 - 2沙特阿拉伯和乌兹别克斯坦1 - 0新加坡这两场比赛因新加坡违规使用未符合国际足总规定的归化球员邱礼而被改判为新加坡0 - 3告负。
第五组
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队伍
赛
胜
和
负
得球
失球
球差
分
伊朗
6
3
3
0
7
2
+5
12
阿联酋
6
2
2
2
7
7
0
8
叙利亚
6
2
2
2
7
8
-1
8
科威特
6
1
1
4
8
12
-4
4
伊朗
–
2 - 0[失效链接]
0 - 0[失效链接]
0 - 0[失效链接]
科威特
2 - 2[失效链接]
–
4 - 2[失效链接]
2 - 3[失效链接]
叙利亚
0 - 2[失效链接]
1 - 0[失效链接]
–
1 - 1[失效链接]
阿联酋
0 - 1[失效链接]
2 - 0[失效链接]
1 - 3[失效链接]
–